Nel modello peso la figura del "rombo aperto", distinta da
quella di "rombo" per la rimozione di una unità in posizione
apicale, tende a muoversi e a cambiare la sua distanza dalla
posizione iniziale del baricentro (x=127.9999; y=128.6276) in
misura maggiore rispetto al ''rombo'' (sia in termini quantitativi
assoluti che in termini cinetici).
Prima di poter parlare di situazione quasi
stazionaria dei valori della distanza, devono passare circa 200000
passi di simulazione.
Il
baricentro del rombo_aperto non rimane stabile rispetto alla
sua posizione iniziale, anche se rimane piuttosto stabile nello spazio
di simulazione tra le coordinate di 100-140.
Nella simulazione del movimento del baricentro del rombo notiamo che la
distanza dalla posizione del baricentro iniziale (x=128;
y=128.4998) cambia di poco e che, a differenza della figura
aperta, quello che differisce maggiormente è il minor numero di
passi necessario per arrivare ad una situazione quasi
stazionaria.
Un altro diverso comportamento tra i due sistemi è
dovuto alla posizione del baricentro del rombo nello spazio di
simulazione, infatti il baricentro rimane
piuttosto fermo ed oscilla tra le coordinate 120-140.
Se si analizza l'andamento della distanza
tra il baricentro del rombo e del rombo aperto si può stabilire che il numero di passi
(circa 120000) necessario per arrivare ad avere una situazione più
o meno stazionaria dei valori della distanza tra le curve è dovuto
al tempo necessario affinchè vengano evidenziate le proprietà del
sistema chiuso.
In un primo momento la distanza tra le
due curve è infatti minore perchè l'andamento delle coordinate del rombo
e del rombo aperto sono simili, mentre in un secondo momento
differiscono fino ad arrivare ad una distanza di 28.
Se si analizza la figura del rombo aperto nel modello temp, risulta che esso, avendo due estremità
libere, tende a muoversi e a cambiare la sua distanza dalla
posizione del baricentro iniziale (x=128; y=128) maggiormente
rispetto al rombo, che raggiunge una posizione di quasi
stazionarietà dopo circa 110000.
Nella simulazione del rombo si nota che la
distanza dalla posizione del baricentro iniziale (x=128; y=128)
cambia di poco e che non è facile parlare di posizione
stazionaria in quanto non si hanno grandi discostamenti dalla
posizione iniziale (128; 128).
Un importante comportamento diverso tra i due sistemi, aperto e
chiuso, è dovuto alla posizione del baricentro del rombo nello
spazio di simulazione; si nota infatti che questo rimane
fermo oscillando di una piccola quantità.
L'andamento della curva che rappresenta la distanza tra il rombo
e il rombo aperto, mette in luce che la distanza tra le due
curve è inferiore rispetto al modello precedente e che questa
varia maggiormente per il fatto che il rombo rimane quasi
costante, mentre il rombo aperto si muove più liberamente in
quanto non risente di vincoli cioè dell'estremità.
Essendo costituite da un numero minore di basi, le stringhe più
corte hanno una libertà di movimento molto maggiore; la lunghezza
della traiettoria percorsa dalle estremità è, infatti, pressochè
identica a quella che le molecole da 146 basi effettuano nel
doppio del tempo.
Il sistema risulta coerente con le condizioni iniziali che sono state
imposte.
Lo spazio Le, percorso da ciascun
tipo di estremità è infatti direttamente proporzionale alla proprietà di
movimento loro assegnata.
La mobilità del sistema in questione non permette di definire una
vera e propria persistence length comune a stringhe di tale
lunghezza; si calcola la PL come media dei valori assunti
dalla distanza end-to-end ogni 100000 passi, ma risulta che:
La qualità delle estremità gioca quindi un ruolo significativo in
sistemi con maggiore stabilità, mentre ha un ruolo meno importante
in sistemi meno vincolati e quindi più liberi.
L'emergenza delle proprietà legate alle estremità richiede quindi una complessità minima. Al di sotto di questa lunghezza la proprietà ''effetto di estremità'' non compare.
L'asimmetria del sistema del modello peso, rispetto alla simmetria
del modello temp serve per poter studiare la dinamica del nostro
sistema: le proprietà intrinsiche risultano le stesse, cambia
però il tempo necessario per evidenziarle.
Se si analizza l'andamento del grafico della distanza tra i punti del baricentro tra la figura del rombo e del rombo_aperto si può osservare che l'andamento delle curve fino a circa 100000 passi è diverso
in quanto in peso non c'è simmetria, mentre successivamente
l'andamento tende ad essere più simile, anche se è diverso il
tempo necessario per raggiungere una posizione quasi
stazionaria.